“How does it come that... ? の省略形だと思うのですが、省略し過ぎた結果、文法的にはちょっとヘンなため、学校ではちゃんと教えてくれないことが多いようです。
逆にその分、よく使われるということです。 “How come?” だけで 「どうして？」 という表現になりますが、Why が使われる場所ならどこでも代替できます。
使い方は簡単で、“How come” のあとに、そのまま疑問に思っている文章を続ければオッケーです。
例えばこんな感じ： “How come you didn't come to the party?” （どうしてパーティに来なかったの？）
超カジュアルな表現なので、大学の教室で発言するときに使ったりすると、脳ミソの程度を疑われちゃったりしますので、要注意。（^^；