主語の “I will” が省略された表現で、別れ際に使います。 直訳すると「あなたを後で掴まえる」ですから、つまり 「また会いましょう」 「じゃ、後でね」という意味になります。
使われるシチュエーションは、同じく “I will” が省略された “See you later.” や “Talk to you later.”と全く同じですが、“Catch you later.” の方が若干フランクなニュアンスになります。
catch＝掴まえる、といったアクティブな印象なので、どちらかと言えば男の子向けの口語と言えるかも知れません。
you の代わりに ya を使って “Catch ya later.” とすれば、より親密感が出るでしょう。